Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, korábban Not Another Molecular Dynamics Program) a Charm++ párhuzamos programozási modellel írt számítógépes szoftver molekuladinamikai szimulációhoz. Párhuzamos hatékonyságáról ismert, és gyakran használják nagy rendszerek (több millió atom) szimulációjára. Az Urbana-Champaign-i Illinois-i Egyetem elméleti és számítási biofizikai csoportjának (TCB) és a Párhuzamos Programozás Laboratóriumának (PPL) együttműködésével fejlesztették ki.

Nanoscale Molecular Dynamics

Developer(s)

University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)

Initial release

1995; 26 évvel ezelőtt

Stable release

Tárhely

Forrás

C++

Operációs rendszer

Cross-platform:

Platform

x86, x86-64

Available in

English

Type

Molecular dynamics simulation

License

Proprietary, freeware for noncommercial use

Website

www.ks.uiuc.edu/Research/namd

Nelson et al. 1995-ben mutatta be, mint egy párhuzamos molekuladinamikai kódot, amely lehetővé teszi az interaktív szimulációt a VMD vizualizációs kódhoz való kapcsolódással. A NAMD azóta kiforrott, számos funkcióval bővült és 500 000 processzormag fölé skálázódott.

A NAMD rendelkezik interfésszel az ORCA és a MOPAC kvantumkémiai csomagokhoz, valamint szkriptelt interfésszel számos más kvantumkémiai csomaghoz. A Visual Molecular Dynamics (VMD) és a QwikMD csomagokkal együtt a NAMD interfésze hozzáférést biztosít a hibrid QM/MM szimulációkhoz egy integrált, átfogó, testre szabható és könnyen használható csomagban.

A NAMD szabad szoftverként elérhető nem kereskedelmi célú felhasználásra magánszemélyek, tudományos intézmények és vállalatok számára házon belüli üzleti felhasználásra.