Noha a My Brain Hurts dalainak többségét Weasel írta, akárcsak a zenekar korábbi albumainak anyagát, ő is többet kezdett együttműködni Vapiddal és kevesebbet Jugheaddel. Az egyetlen dal az albumon, amelyben Jughead társszerzőként szerepel, a “Fathead”, amelynek eredeti változata korábban a Punkhouse EP-n jelent meg. Visszatekintve Weasel Vapidot nevezné az “egyetlen személynek, akivel kényelmesen éreztem magam dalokat írni.”
A “Guest List” gitárszólóját Vapid eredetileg egy Sludgeworth dalhoz írta, de “egyszerűen nem működött”, míg a refrén “beugrott a fejembe”, miközben a chicagói North Centerben lévő Roscoe Village-en keresztül vezetett, nem sokkal azelőtt, hogy a zenekar elment felvenni az albumot. Egy washingtoni Olympiába tett kirándulás során Vapid megmutatta Weaselnek, amit írt, aki a főcímdal és a refrén ötletét egy dalba ötvözte. Weasel emellett egy oktávval feljebb vitte a leadet, ami állítólag “kalapemelés volt a helyi hősök, a Naked Raygun előtt”. Weasel írta a dal szövegének nagy részét, de azt mondta, hogy “‘Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ egy olyan sor volt, ami csakis Vapid-től származhatott.”
Vapid szerint a “Veronica Hates Me” a Material Issue “Valerie Loves Me” című dalának játékaként indult. “Akkoriban, azt hiszem, rosszindulatot tápláltunk az énekesük, Jim Ellison iránt, amiért lehúzott minket egy általa promotált koncerten” – nyilatkozta Vapid. A dal megírása közben Weasel azt mondta, hogy “megpróbálta a régi rock ‘n’ rollban használt és a Ramones által aktualizált standard akkordokat fogni, és egy kicsit kiforgatni őket”. Weasel kijelentette, hogy amikor elkezdte írni a dalt, azt a szabályt fogalmazta meg, hogy “nem fog kilépni az ebben a stílusban használt négy standard akkordból”. “A szünetben egy hagyományos hangszerelést használtam, hogy megadjam a hallgatónak azt, amiről feltételeztem, hogy mit szeretnének, miután a dal nagy részében kitartottam” – mondta. Annak ellenére, hogy nem Vapiddal közösen írta, Weasel azt mondta, hogy a dalt “rá gondolva” írta, és kifejtette, hogy “néhány legjobb dalom ebből az időből kizárólag abból a vágyamból fakadt, hogy olyan dalokat írjak, amelyek lenyűgözik őt.”
Weasel kijelentette, hogy “nagyon élvezte az ‘I Can See Clearly’ feldolgozását”, és elismerte, hogy “ez volt az első alkalom, hogy valaki más dalának tisztességes feldolgozását készítettem, és nagyon elégedett voltam az eredménnyel”. A csapat feldolgozása azonban nem tartalmazta az eredeti dal bridge-jét. “A mi verziónk nem igazán indokolta a hidat, így azt a nyitó gitárszólóval helyettesítettem, ami aztán az utolsó négy ütemben dallamvezetésre váltott” – mondta Weasel.
A “The Science of Myth”-t részben a PBS 1988-as dokumentumfilmje, Joseph Campbell and the Power of Myth ihlette. Weasel azt nyilatkozta, hogy a film megtekintése után “érdeklődni kezdett a spirituális hiedelmek alkalmazása iránt”, és megpróbálta a dalt olyan stílusban írni és hangszerelni, “amit az a fajta punkzenekar kedvel, amely jellemzően vallásellenes dalokat ír”. A The Mr. T Experience “The History of the Concept of the Soul” című dala is inspirálta, és azt mondta, hogy “valami hasonlót akart csinálni azzal, hogy valami olyasmit ír, ami úgy néz ki, mint egy esszé Cliff’s Notes változata, és úgy, hogy folyjon, ahelyett, hogy a hagyományos rockszövegek módjára írta volna meg”. Eredetileg Weasel azt fontolgatta, hogy nem teszi fel a dalt az albumra, mondván, hogy “egy kicsit oda nem illőnek” tűnik, de később úgy döntött, hogy felveszi, miután rögzítették.