A Mr. Sub-t 1968-ban alapította a kanadai Torontóban két barát, Jack Levinson könyvelő és Earl Linzon tornatanár 1500 dolláros induló tőkével. Az alapítók célja az volt, hogy minőségi ételeket áruljanak; gyorsan szolgálják fel; frissen készítsék; és mindenekelőtt, hogy a vásárlóknak értéket adjanak a pénzükért.

Az első Mr. Sub étterem, amelyet akkor Mr. Submarine-nak hívtak, a Yorkville Avenue 130. szám alatt nyílt meg, egy átalakított viktoriánus sorház földszintjén. A pozitív fogadtatás után a két alapító öt hónappal később megnyitotta a második éttermet.

1972-ben a Mr. Submarine eladta első franchise-ját, és 1990-ben hivatalosan Mr. Sub lett.

A 90-es évek közepétől a Mr. Sub hanyatlásnak indult, a Subway franchise kanadai bevezetése miatt. 2005-ben felmerült, hogy Michael Bregman, a Second Cup kávézólánc korábbi tulajdonosa a lánc megvásárlását fontolgatja. További lehetséges érdeklődőként felmerült a Swiss Chalet anyavállalata, a Cara Operations és a KFC-t üzemeltető Priszm Canadian Income Fund is. A Country Style fánklánc 2005-ben rövid ideig érdeklődött az MR.SUB iránt.

2011. augusztus 18-án az MTY Food Group, amely akkor már a Country Style tulajdonosa volt, bejelentette, hogy 2011. október végén 23 millió dollárért megvásárolja a Mr. Subot.

A Mr. Sub eredetileg az egyetlen jelentős franchise-kereskedője volt a tengeralattjárós szendvicseknek Kanadában, egészen az amerikai láncok, például a Subway megjelenéséig. Ma már kemény versenyben van számos gyorséttermi márka, a kisvárosokban/vidéki piacon túlélő, valamint a szendvicset mindig is kínáló rendszeres elviteles helyekkel szemben.