Az NCBI RefSeq adatbázisból mintegy 2000 teljesen szekvenált mitokondriális genom áll rendelkezésre, a fehérjéket kódoló gének, rRNS-ek és tRNS-ek kézzel kurált annotációjával együtt. Ezt a két évtized alatt felhalmozott annotációs információt számítási eszközök és annotációs stratégiák változatos készletével nyerték. A kézi kuráció minden erőfeszítése ellenére még mindig téves olvasási irányok, hibás génnevek és hiányzó, valamint hamis pozitív annotációk jellemzik, különösen az RNS-gének esetében. Mindez együttesen jelentős problémákat okoz a teljesen automatikus pipelinek számára, amelyek célja ezen adatok átfogó felhasználása az állati filogenetika és a mitogenomok molekuláris evolúciójának tanulmányozására. A MITOS csővezeték célja a mitogenom szekvenciák konzisztens de novo annotációjának kiszámítása. Megmutatjuk, hogy a MITOS eredményei az annotációs lefedettség és minőség tekintetében megegyeznek a RefSeq és a MitoZoa eredményeivel. Ugyanakkor elkerüljük a kézi kurációs stratégiákból származó torzításokat, a nomenklatúra következetlenségeit és a gépelési hibákat. A MITOS csővezeték online elérhető a http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de.

címen.

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.