Marpa Chökyi Lodrö néven született Lhodrak Chukhyerben, Tibet déli részén, jómódú családban, fiatalon kezdett tanulni, de más gyerekekhez képest vad és zabolátlan volt. Marpa először három évig Mangkharban kapott oktatást Drokmi Shakya Yeshe-től, és elsajátította a szanszkrit nyelvet. Úgy döntött, hogy Indiába utazik, hogy neves indiai buddhista mestereknél tanuljon. Első nepáli és indiai útját Nyo Lōtsawa társaságában tette meg, akit szolgaként látogatott. Marpa hazatért Lhodrakba, és teljes örökségét aranyra váltotta, hogy finanszírozza utazási költségeit, és hogy felajánlásokat tegyen a tanítóknak.
Marpa először Nepálba utazott, ahol Paindapa és Chitherpa, Naropa két híres tanítványa mellett tanult. Paindapa később elkísérte Marpát Pullahariba, a Nalanda Egyetem közelébe, ahol Naropa tanított. Marpa tizenkét évig tanult Naropánál és más nagy indiai guruknál, leginkább Maitripadánál. Tizenkét év után indult vissza Tibetbe, hogy tanítson és folytassa dharmatevékenységét.
Marpa még kétszer utazott Indiába és még háromszor Nepálba, ahol Naropával és más nagy tanítókkal, köztük Maitripával tanult. Állítólag a Phugtal kolostor barlangjában tartózkodott. Harmadik indiai látogatásakor Naropát, aki tantrikus gyakorlatokkal foglalkozott, nehéznek bizonyult megtalálni. Végül azonban Marpa megtalálta őt, és megkapta az utolsó tanításokat és utasításokat Naropától. Ekkor Naropa megjövendölte, hogy a családi vonal nem fog folytatódni Marpa számára, hanem az ő vonalát a tanítványai fogják továbbvinni. Marpa most már megkapta a teljes átadást, így Naropa hivatalosan is Marpát nyilvánította utódjának, bár voltak más jelentős tanítványai is, köztük Paindapa, Chitherpa, Shri Shantibhadra vagy Kukuripa és Maitripa.
A Tibetbe való visszatérése után Marpa sok évet töltött buddhista szentírások fordításával, és nagyban hozzájárult a teljes buddhadharma Tibetbe való átadásához. Marpa folytatta a gyakorlást, valamint tanításokat és átadásokat adott számos tanítványnak Tibetben. Második indiai látogatása után Milarepa lett a tanítványa. Marpa fia, Darma Dode halála után Milarepa teljes egészében örökölte a vonalát. Marpa feleségével, Dakmemával és fiaikkal Lhodrakban élt Tibet déli részén. Marpa állítólag 1052-ben Kr.u. 1052-ben alapította a Stongdey kolostort Zanskarban.