John Cotton, (szül. 1585. dec. 4., Derby, Derbyshire, Anglia – meghalt 1652. dec. 23., Boston, Massachusetts. ), befolyásos új-angliai puritán vezető, aki elsősorban a bostoni Első Egyház “tanítójaként” szolgált (1633-52), miután elmenekült a nonkonformisták anglikán egyházi üldözése elől.
A cambridge-i Trinity College-ban tanult, Cotton 1612-ben a Lincolnshire-i Bostonban lévő Szent Botolph’s plébániatemplom plébánosa lett, és 21 évig töltötte be ezt a tisztséget. Ez idő alatt fokozatosan puritánabb szemléletűvé vált, és feladatkörének ellátása során már nem tartott be bizonyos anglikán vallási szertartásokat. 1632-ben jogi eljárást indítottak ellene nonkonformizmusa miatt, és 1633 júliusában kivándorolt a Massachusetts-öböl gyarmatára, ahol a bostoni Első Templom “tanítója” lett, és haláláig ebben a minőségében maradt. Népszerűsége a gyarmaton határtalan volt, és befolyása mind a polgári, mind az egyházi ügyekben valószínűleg nagyobb volt, mint bármely más lelkészé a teokratikus Új-Angliában.
Cotton számos művet írt, amelyek az új-angliai kongregacionalizmus felbecsülhetetlen értékű kifejtését alkotják, köztük a The Way of the Churches of Christ in New England (1645) és a The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Az általa írt, Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646) című katekizmusát sokáig széles körben használták Új-Angliában a gyermekek vallási oktatására.