A HMS LINCS Központról

A Harvard Medical School (HMS) LINCS Központját az NIH U54 HL127365 támogatásával finanszírozzák, és az NIH integrált hálózat alapú sejtes szignatúrák könyvtárának (LINCS) része. E program általános céljai az adatok és analitikai eszközök összegyűjtése és terjesztése, amelyek szükségesek annak megértéséhez, hogy az emberi sejtek hogyan reagálnak a gyógyszerek, a környezet és a mutáció okozta perturbációra. A LINCS-ről és a többi résztvevő központról további információk a program honlapján találhatók.

A HMS LINCS Központ célja a perturbációra adott sejtválasz alapvető elveinek feltárása, beleértve a dózis és a válasz közötti kapcsolatot, a sejtek közötti eltérések eredetét és jelentőségét, valamint a gyógyszerérzékenység és -rezisztencia molekuláris alapjait. A HMS-ben keletkező adatok közé tartoznak a multiplex biokémiai, proteomikai és képalkotó vizsgálatok, amelyekre a terjesztési szabványok kevéssé kidolgozottak; ezek javítása és az összes adat, algoritmus és következtetés felszabadítása a jegyzetfüzetekből és dolgozatokból a Központ egyik fő célja. A Központ új algoritmusokat is fejleszt az összetett perturbagén-válasz adathalmazok nagyléptékű elemzéséhez, amelyek testreszabott projektösszefoglaló oldalakon keresztül érhetők el. Jellemzően minden adatkészletről legalább egy biológiai elemzést publikálunk, de ezek a papírok csak az adatok sokféle felhasználási módja közül egyet írnak le. Arra bátorítjuk a felhasználókat, hogy saját ötleteik és algoritmusaik alapján fedezzék fel az elsődleges adatokat.

Kísérletek

Középpontunkban biokémiai és sejtalapú vizsgálatok állnak (i) kis molekulájú kinázgátlókkal, a rák, autoimmun betegségek és más betegségek kezelésére szolgáló terápiás szerek vezető osztályával; (ii) epigenóm-módosítókkal, például bromodomain- és HDAC-gátlókkal; és (iii) a természetben előforduló ligandumokkal, például növekedési faktorokkal és gyulladásos citokinekkel. Összességében ~100 sejtvonal és primer sejttípus ~400 perturbagénre adott válaszát vizsgáljuk dózisban és időben.

Az adatokhoz, algoritmusokhoz és eszközökhöz való hozzáférés

A HMS LINCS időben nyilvános hozzáférést biztosít minden releváns adathoz és szoftverhez az NIH LINCS program adatkiadási politikájának megfelelően. Az egyszerű letöltés és a programozott hozzáférés egyaránt támogatott.

Adatfeltárás és felhasználási esetek: A HMS LINCS-kiadványok összefoglaló és feltáró oldalai a legfontosabb eredmények leírását, a HMS LINCS-adatbázisban található releváns adatkészletekre mutató linkeket és egyéni adatvizualizációs eszközöket tartalmaznak. Ezek és más eszközök elérhetők a szoftveroldalunkon.

Adatokhoz való hozzáférés: Minden nyilvánosan közzétett HMS LINCS-adatkészlet és reagens metaadat elérhető a HMS LINCS-adatbázisban, ahol a keresési funkciók lehetővé teszik az egyes adatkészletek és reagensek lekérdezését (pl. sejttípus vagy perturbagén alapján). Ezeket a keresési és letöltési funkciókat aktívan fejlesztjük, és arra biztatjuk a felhasználókat, hogy küldjenek visszajelzést a lincs-feedback hms.harvard.edu.

címre.