Malcolm X gyorsan felemelkedett az Elijah Muhammad vezette Nation of Islam nevű vallási szervezetben. Lelkészként és szóvivőként járta az országot, új mecseteket alapított, és a rá jellemző szenvedéllyel és szókimondó kifejezésmóddal szólt a polgári zavargásokról, rekordszámú új megtérőt vonzva. Életének ebben az időszakában, 1958-ban a michigani Lansingban feleségül vette Betty X-et (korábban Sanders).
Noha üzenetét radikálisnak és lázítónak tartották, aktívan kiállt az erkölcsi, szellemi és lelki tisztaság mellett, mint a népe elnyomástól való megszabadításának eszközéért.
Amikor Malcolm X felfedezte, hogy Elijah Muhammadnak titokban viszonya volt női követőivel, és több gyermeket nemzett, kiábrándult az Iszlám Nemzet vezetőjéből.
A képmutatástól megdöbbenve Malcolm X kilépett a NOI-ból, és 1964 márciusában megalapította saját szervezetét, a Muslim Mosque, Inc.-t. Ugyanebben az évben vallási zarándoklatot tett Mekkába; az utazás mély hatást gyakorolt az aktivistára, ami arra késztette, hogy nevet változtasson el-Hajj Malik el-Shabazz-ra, és újraértékelje a hitét.
Egy levelében azt írta: “Megkérdezték tőlem, hogy mi nyűgözött le a legjobban a Hadzsban. … Azt mondtam: ‘A testvériség! Az emberek minden fajból, minden bőrszínből, a világ minden tájáról, akik egyként jönnek össze!’ Ez bizonyította számomra az Egyetlen Isten erejét. … Mindenki egyként evett, és egyként aludt. A zarándoklat légkörében minden az Egyetlen Isten alatt álló Ember Egységét hangsúlyozta.”