IPEX-szindróma leggyakrabban az élet első napjaiban vagy heteiben alakul ki, és kizárólag fiúkat érint. Klasszikusan az enteropátia, az autoimmun betegség (különösen az I. típusú diabetes mellitus) és a bőrérintettség triászának egymást követő megjelenésével jelentkezik, de a betegség klinikai jellemzői és súlyossága egyénenként jelentősen eltérhet. A súlyos autoimmun enteropátia kezelhetetlen szekréciós hasmenéssel jelentkezik, amely felszívódási zavarhoz, elektrolit-zavarhoz és a gyarapodás elmaradásához vezet. Hányás, ileusz, gyomorhurut vagy vastagbélgyulladás is megfigyelhető. A betegeknél autoimmun endokrinopátiák is előfordulnak, általában inzulinfüggő diabetes mellitus (1. típusú DM), gyakran csecsemő- vagy kora gyermekkorban, de pajzsmirigygyulladás is, amely hypothyreosishoz vagy hyperthyreosishoz vezet. A bőr érintettsége ekcémára, pikkelysömörre és/vagy atópiás vagy exfoliatív dermatitisre emlékeztető, generalizált, viszkető bőrkiütésből áll. Ritkábban alopecia vagy onychodystrophia is megfigyelhető. A betegeknél autoimmun citopéniák, trombocitopénia, hemolitikus anémia és neutropenia alakulhat ki. Az autoimmun érintettség pneumonitishez, hepatitishez, nephritishez, myositishez, splenomegaliához és/vagy lymphadenopathiához is vezethet. Előfordulhatnak helyi vagy szisztémás fertőzések (pl. tüdőgyulladás, Staphylococcus aureus fertőzések, candidiasis), de úgy tűnik, hogy ezek inkább a bőr- és bélgátak elvesztésének, az immunszuppresszív terápiáknak és a rossz táplálkozásnak, mint elsődleges immunhiánynak tudhatók be. Leírták a neurológiai leleteket, beleértve a perifériás neuropátiát, a myopathiát és a hipotóniát,