A MODELLER-t fehérjék háromdimenziós struktúráinak homológiai vagy összehasonlító modellezésére használják (1,2). A felhasználó megadja a modellezendő szekvencia igazítását ismert rokon struktúrákhoz, és a MODELLERautomatikusan kiszámítja az összes nem-hidrogénatomot tartalmazó modellt.A MODELLER összehasonlító fehérjeszerkezet-modellezést hajt végre a térbeli korlátozások kielégítésével (3,4), és számos további feladatot képes elvégezni, beleértve a fehérjeszerkezetekben lévő hurkok de novo modellezését, a fehérjeszerkezet különböző modelljeinek optimalizálását egy rugalmasan meghatározott célfüggvény tekintetében, fehérjeszekvenciák és/vagy szerkezetek többszörös igazítását, klaszterezést, szekvencia-adatbázisokban való keresést, fehérjeszerkezetek összehasonlítását stb. A MODELLER letölthető a legtöbb Unix/Linux rendszerre, Windowsra és Macre.

A MODELLER-hez több grafikus interfész is elérhető a kereskedelemben. Sok más forrás és ember is használja a Modellert grafikus vagy webes interfészekben vagy más keretrendszerekben.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc. 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Gének és genomok összehasonlító fehérjeszerkezeti modellezése.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

A Modeller jelenlegi kiadása a 10.1, amely 2021. március 18-án jelent meg. A Modeller karbantartója jelenlegBen Webb.