Az “Óbidos” név latinosított (oppidum, citadella) származéka a régebbi kelta “Eburobricio”. A település egy római kori településből nőtt ki egy magaslat előhegyeihez közeli magaslat lábánál. Az Atlanti-óceántól Estremadura tartomány belsejébe, a folyók és tavak mentén elterülő Óbidos vidéke már a késő paleolitikum óta lakott. A korai kelta törzsek települést építettek, amely később a föníciaiak kereskedelmi központja volt. Az Óbidosi vár középkori tornyának (Fachótól délre) alapjából származó régészeti bizonyítékok római kori építkezésre utalnak, amely az Eburobrittium római civitas egyik előőrséhez kapcsolódik, egy nagy kiterjedésű városi területhez, amelyet ásatás alatt tartanak. A régészeti vizsgálatok egy fórum, fürdők és más római kori építmények maradványait állapították meg a település közelében.
Róma bukása után a térség a vizigótok befolyása alá került, bár konkrét feljegyzések hiányoznak. Eburobrittium római városát az 5. században elhagyták a biztonságosabb dombtetőért, ahol ma a fő település található. Valamikor 713 után a mórok erődítményt létesítettek ezen a hegyen, míg a Moncharro szomszédságában a mozarabok keresztény közössége élt.
A területet 1148-ban Portugália első királya, Afonso Henriques vette el a móroktól. A hagyomány szerint egy lovag, Gonçalo Mendes da Maia volt a felelős a mór vár sikeres ostromáért. Óbidos visszafoglalása volt az Estremadura tartományi régió meghódításának utolsó állomása, Santarém, Lisszabon és Torres Vedras megtelepedése után. A régió ellenőrzését követően a település 1195-ben, I. Sancho király uralkodása alatt kapta meg első foralját (oklevelét). 1210-ben II. Afonso király Urraca királynőnek adományozta a település címét. Azóta Óbidos gyakran részesült a portugál királynők pártfogásában, amiből ered a Vila das Rainhas (magyarul: a királynők városa) nem hivatalos elnevezése; a középkortól a 16. századig számos királyi hitves adományokkal gazdagította a falut.
Óbidos várát és falait I. Dinis király uralkodása idején alakították át, a mészkőből és márványból készült szerkezetet megerősítették és kidolgozták, míg a várőrséget a 14. században Fernando király hozta létre. Az első átalakítási projekt idejére a település a vár kapuin túlra is kiterjedt.
Az óbidosi Santa Maria-templom volt a helyszíne V. Afonso király és unokatestvére, Coimbrai Izabella hercegnő esküvőjének 1441. augusztus 15-én, amikor még mindketten 9 és 10 éves gyermekek voltak. Az I. Mánuel király által 1513-ban Óbidosban végrehajtott közigazgatási reformok közé tartozott a hivatalos charta bevezetése és a városi terület jelentős átalakítása.
Az 1755-ös földrengés károkat okozott a falu falaiban, néhány templomban és számos épületben, és az arab vagy középkori ihletésű építészet elvesztését eredményezte. Hasonlóképpen Óbidos környékén vívták a félszigeti háborúkat, beleértve a Roliça-i csatát is. A közelmúltban a falu az 1974-es szegfűs forradalomban részt vevők kormányzati központja és találkozóhelye volt, ami a fegyveres erők mozgalmának lázadásához kötötte.