Malcolm X subiu rapidamente na Nação do Islã, uma organização religiosa liderada por Elijah Muhammad. Ele viajou pelo país como ministro e porta-voz, estabelecendo novas mesquitas e abordando a agitação civil com sua paixão característica e expressão articulada, atraindo números recordes de novos convertidos. Durante este período da sua vida casou-se com Betty X (antiga Sanders) em Lansing, Michigan, em 1958.
Embora a sua mensagem fosse vista como radical e inflamatória, ele abraçou activamente a limpeza moral, mental e espiritual como meio de libertar o seu povo da opressão.
Quando Malcolm X descobriu que Elijah Muhammad tinha secretamente assuntos com seguidores femininos e tinha sido pai de vários filhos, ficou desiludido com o líder da Nação do Islão.
Devastado pela hipocrisia, Malcolm X deixou o NOI e formou a sua própria organização, Muslim Mosque, Inc., em Março de 1964. Nesse mesmo ano, ele fez uma peregrinação religiosa a Meca; a viagem teve um efeito profundo sobre o ativista, levando-o a mudar seu nome para el-Hajj Malik el-Shabazz e reavaliar suas crenças.
Ele escreveu em uma carta: “Eles perguntaram-me o que é que o Hajj me tinha impressionado mais. … Eu disse: ‘A irmandade! As pessoas de todas as raças, de todas as cores, de todo o mundo se reunindo como uma só! Provou-me o poder do Deus Único. … Todos comiam como um, e dormiam como um. Tudo na atmosfera de peregrinação acentuou a Unidade do Homem sob um só Deus.”