A Comissão do Rio Mississippi foi estabelecida em 1879 para facilitar a melhoria do rio Mississippi desde a Cabeça de Passes perto da sua foz até à sua cabeceira de rio. A missão declarada da Comissão era desenvolver e implementar planos para corrigir, localizar permanentemente e aprofundar o canal do rio Mississippi, melhorar a segurança e a facilidade de navegação, prevenir inundações destrutivas e promover e facilitar o comércio, o comércio e os serviços postais.
Durante quase meio século, a MRC funcionou como um órgão executivo reportando diretamente ao Secretário de Guerra dos EUA. O Grande Dilúvio do Mississippi de 1927 mudou a missão da MRC. A conseqüente Lei de Controle de Inundações de 1928 criou o Projeto Rio Mississippi e Tributários (MR&T). A lei atribuiu a responsabilidade de desenvolver e implementar o Projeto Rio Mississippi e Tributários (MR&T) à Comissão do Rio Mississippi. O projecto MR&T prevê o controlo das cheias do rio Mississippi desde Head of Passes até às proximidades do Cabo Girardeau, Missouri, o controlo das cheias dos afluentes e escoadouros do rio Mississippi afectados pelos seus remansos, e a melhoria da navegação do rio Mississippi desde Baton Rouge, Louisiana, até ao Cairo, Illinois. Isto inclui melhorias em certos portos e melhorias para a navegação nos rios Old e Atchafalaya, desde o rio Mississippi até Morgan City, Louisiana.
Inclui também a estabilização das margens do rio Mississippi desde o Chefe dos Passes até ao Cairo, Illinois, preservação, restauração e melhoria dos recursos ambientais, incluindo mas não se limitando a medidas para peixes e vida selvagem, aumento do abastecimento de água, recreação, recursos culturais e outros programas de desenvolvimento de recursos hídricos relacionados, e viagens de inspecção semestrais para observar as condições do rio e facilitar a coordenação com os interesses locais na implementação de projectos. Por mais de um século, as inspeções e audiências têm sido realizadas a bordo do M/V Mississippi e seus predecessores.
Existem sete membros na comissão. O atual Presidente da Comissão do Rio Mississippi é o Major-General Kaiser do Exército dos Estados Unidos. A missão é executada através do Corpo de Engenheiros do Exército dos Estados Unidos nos Distritos da Divisão do Mississippi Valley em St. Paul, Rock Island, St. Louis, Memphis, Vicksburg, e New Orleans.
A sede da operação fica no Centro Histórico Vicksburg no edifício da Comissão do Rio Mississippi.