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O nome “Óbidos” é um latinizado (oppidum, citadela) derivação do antigo “Eburobricio” celta. O município teve o seu crescimento a partir de um povoado romano perto dos contrafortes de uma escarpa elevada. A região de Óbidos, que se estende desde o Atlântico até ao interior da Província da Estremadura, ao longo dos rios e lagos, é habitada desde o falecido Paleolítico. Foi construído um povoado pelas primeiras tribos celtas, que mais tarde foi um centro de comércio para os fenícios. As evidências arqueológicas da base da torre medieval (a sul do Facho) no Castelo de Óbidos indicam uma construção romana ligada a um posto avançado da civitas romana de Eburobrittium, uma grande área urbana que tem estado sob escavação. Levantamentos arqueológicos determinaram os restos de um fórum, banhos e outras estruturas romanas próximas ao povoado.
Após a queda de Roma, a região ficou sob a influência dos visigodos, embora faltem registos específicos. A cidade romana de Eburobrittium foi abandonada no século V para o topo do morro mais seguro onde hoje se encontra o principal povoado. Algum tempo depois de 713 os mouros estabeleceram uma fortificação nesta montanha, enquanto uma comunidade cristã de moçárabes vivia no bairro de Moncharro.
A área foi tomada dos mouros pelo primeiro rei de Portugal, Afonso Henriques, em 1148. A tradição diz que um cavaleiro, Gonçalo Mendes da Maia, foi o responsável pelo sucesso da invasão do castelo mouro. A retomada de Óbidos foi uma etapa final na conquista da região da Província da Estremadura, depois das povoações de Santarém, Lisboa e Torres Vedras. Após o controlo da região, o povoado recebeu o seu primeiro foral (foral) em 1195, durante o reinado de D. Sancho I. Em 1210, D. Afonso II deu o título desta vila à Rainha Urraca. Desde então, Óbidos tem sido frequentemente apadrinhada pelas Rainhas de Portugal, dando origem ao seu título informal de Vila das Rainhas; vários consortes reais enriqueceram a vila com doações da Idade Média até ao século XVI.
O castelo e as muralhas de Óbidos foram remodelados durante o reinado de D. Dinis I. A estrutura calcária e mármore foi reforçada e elaborada, enquanto a torre de menagem foi criada no século XIV, por D. Fernando. Por altura do primeiro projecto de remodelação, o povoado tinha também crescido para além das portas do castelo.
A Igreja de Santa Maria de Óbidos foi o cenário do casamento de D. Afonso V com a sua prima, a Princesa Isabel de Coimbra, em 15 de Agosto de 1441, quando ambos ainda eram crianças de 9 e 10 anos, respectivamente. As reformas administrativas conduzidas por D. Manuel I em Óbidos, em 1513, incluíram a instituição de um foral formal e uma grande requalificação da área urbana.
O terramoto de 1755 causou danos nas muralhas da vila, em algumas igrejas e em muitos edifícios, e resultou na perda da arquitectura de inspiração árabe ou medieval. Do mesmo modo, as Guerras Peninsulares foram travadas nas proximidades de Óbidos, incluindo a Batalha da Roliça. Mais recentemente, a vila foi um centro de governo e de encontro para os envolvidos na Revolução dos Cravos de 1974, ligando-a à revolta do movimento das forças armadas.